故事讲述两派来到地球后，因为发生了一些“事件”，导致双方外形大变。也由于这些“事件”，变形金刚要隐藏于人类社会之中。如何去平衡一切关系是擎天柱作为领袖将要面临的考验，本作品的标题也由此而来。

在设定上，本作亦是作为2010年的游戏系列《变形金刚：赛博坦之战》的后继故事。《变形金刚：领袖之证》在传统的动画造型基础上吸收融合了变形金刚真人电影三部曲风格，甚至一些重要角色的人形和变形形态都与真人电影非常接近。在剧情上则比较接近塞伯坦之战前传小说《变形金刚：征途》。

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